Erro no arquivo de licença ipagare.txt, inválido, expirado ou inexistente. PHP The encode file......

1.  Primeiro verifique se consta no servidor o arquivo de licença ipagare.txt, este arquivo deverá ser colocado um nível acima da pasta raiz do Apache. Por exemplo: se você utiliza Linux e o seu Apache utiliza a pasta /var/www/html como raiz, coloque o arquivo de licença em /var/www. Desta forma o seu arquivo de licença não ficará acessível a partir da web.
2. Persistindo o problema  faça o procedimento descrito abaixo:

Realize as configuração do servidor web. Onde o primeiro e o segundo itens são para fins explicativos já o terceiro é a configuração a ser realizada:

1- Como o IonCube valida a licença em meu ambiente? 
O IonCube utiliza a configuração _SERVER["SERVER_NAME"] de seu ambiente para validar o domínio.

2- Como descobrir qual _SERVER["SERVER_NAME"] utilizo? 
Crie um arquivo com a função "phpinfo()" e chame o mesmo na URL de seu navegador.

3- Utilizo Nginx como servidor web. Como configurá-lo de maneira correta? 

• Antes de tudo leia este artigo: http://nginx.org/en/docs/http/server_names.html; 
• Configure seu ambiente através do arquivo "/etc/nginx/conf.d/default.conf"; 
• Configure seu ambiente através do arquivo "/etc/nginx/conf.d/ssl.conf";
• Em /etc/nginx/conf.d/magento.conf localize a linha "server_name, veja se possuí o IP do servidor e o host, para que funcione é necessário que esteja somente o host. Exemplo: meudominio.com.br    www.meudominio.com.br;
• Execute o restart do php-fpm e nginx; 

IMPORTANTE: tanto na configuração "/etc/nginx/conf.d/default.conf" como "/etc/nginx/conf.d/ssl.conf" é aconselhável registrar o mesmo valor para o atributo "server_name".